dSx吉林大学动物科技实验教学中心
吉林大学畜牧兽医学院实验项目卡
实验教学中心名称：动物科技实验教学中心 实验室名称：生物信息学实验室
实验项目所属课程名称
生物信息学
课程编号
07281012
课程类别
(打√)
普通教育课程
学科基础课程
专业教育课程
实践教学环节
面向专业
生物技术（动物、植物）
√
实验类型
基础
设计
综合
研究
实验性质
必做
选做
其他
实验项目名称
常用分子生物学数据库的使用方法
实验项目编号
072810121
实验学时数
4
实验分组情况
每组 1 人
实验目的
学会使用生物信息学数据库的文本检索和序列的同源性比对，了解文本检索的语法规则以及同源性比对的算法原理。尤其是NCBI的使用
实验内容
1.NCBI的文本检索与序列比对
2.OMIM的疾病查询
3.Gene数据库的序列检索
本实验项目所用的主要仪器设备
仪器设备名称
规格型号
数 量
普通PC机（必须联网）
CPU：1G赫兹以上，内存：512k，Windows XP支持，推荐显示器分辨率: 1024×768 以上
70台
本实验项目
消耗材料物品
备注
说明：1、课程编号可从本专业的课程计划中查找，实验项目编号为课程编号+2位顺序号。
2、项目卡各栏可根据内容进行调整。超出1页的请双面打印。
任课教师(签名)： 专业负责人(签名)： 主管院长(签名)：
填表日期： 2009 年 8 月 28 日
常用生物信息学软件使用方法
072810122
学会使用DNAMAN6、VectorNti10对目的基因进行序列综合分析，掌握全局比对和局部比对的区别，以及和多重序列比对的区别，并能进行比对结果的保存和输出，学会在VectorNti10中进行载体的绘制与编辑。
1. 使用DNAMAN6进行全局比对和局部比对
2. 使用DNAMAN6、VectorNti10进行多重序列比对
3. 使用VectorNti10进行载体序列的编辑、绘制
引物设计与载体绘制
072810123
了解PCR的原理以及引物设计的原则，学会引物设计软件Oligo6、Primer5的使用自行对目的基因设计引物；了解载体的结构组成，学会载体绘制软件SimVector的使用，设计载体，将目的基因连接到载体上。
1. PCR实验的原理与引物设计原则
2. Oligo6、Primer5引物设计
3.载体的结构组成与绘制原则
4. SimVector的使用
5.设计含有酶切位点的引物，将克隆的预期序列连接到目的载体上，用SimVector展示。
蛋白质结构功能分析
072810124
学会使用UniProt数据库检索蛋白质序列，了解基因的GO注释，使用AntheProt对获得的目的蛋白质数据进行蛋白质的结构功能分析。
1.使用UniProt数据库检索蛋白质序列。
2.使用 AntheProt对自己筛选的目的蛋白质进行二级结构、结构域、疏水性、等电点预测。
核酸和蛋白质序列的进化分析
0728101215
了解系统发育树的构建原理，学会使用ClustalW/X进行系统发育树的构建，并使用GenDoc对多重比对结果进行图形化显示，以及使用TreeView绘制系统发育树。
1.检索和目的基因同源的相关序列
2.使用ClustalW/X进行聚类
2.GenDoc图形化显示比对结果和变异位点
3.TreeView的使用，绘制系统发育树，显示目的基因的分子进化。
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