07481005 生物信息学综合分析-生物技术

《生物信息学综合分析》教学大纲

教学单位：畜牧兽医学院

课程名称：生物信息学综合分析

英文名称：Comperhrehensive Analysis ofBioinformatics

课程代码：07481005

课程性质：必修课

课程类别：专业实践环节

实习学时：1周

实习学分：1学分

开课学期：第七学期

面向专业：生物技术(动物)专业

一、课程目的与任务

通过生物信息学综合实验的学习，使学生从总体上认识生物信息学的基础理论和具体应用，掌握生物信息学中的文献检索，序列查询、基因组定位、同源性比对，电子表达谱分析，基因结构和功能鉴定，培养学生自主设计实验、从信息学水平上认识生物学过程。

本实验课的主要任务是让学生综合利用生物信息学软件和网站，增强使用PubMed与OMIM来辅助写开题报告，使用GenBank来查询、定位基因，利用Blast来进行同源比对，以及Prosite进行蛋白质的结果和功能分析，使用Endnote进行论文写作等能力。

二、教学基本内容、要求与学时分配

实习一、文献检索与开题报告

（一）实习内容：使用OMIM和PubMed进行文献综述的整理与写作。

（二）实习要求：学生亲自上机操作，教师指导。

（三）学时分配：2d

实习二、基因的模拟克隆

（一）实习内容：使用Gene数据库进行基因的查询与引物设计。

（二）实习要求：学生亲自查询，教师帮助进行序列的去冗余化，并使用Primer5、Oligo6进行引物设计。

（三）学时分配：1d

实习三、基因的同源比对

（一）实习内容： 使用Blast进行目的基因的同源性比对。

（二）实习要求：学生亲自上机操作，教师指导，加深学生对打分矩阵的认识。

（三）学时分配：1d

实习四、基因的载体选择与流程图绘制

（一）实习内容：根据实验的需求，在载体数据库进行载体的选择，并使用SimVector进行流程图绘制。

（二）实习要求：学生亲自动手，教师现场指导。

（三）学时分配：1d

实习五、基因的功能分析

（一）实习内容：使用Genequest对基因进行DNA序列分析，使用Prosite进行蛋白质的结构分析。

（二）实习要求：学生亲自动手，教师现场指导

（三）学时分配：1d

实习六、基因的系统发育研究

（一）实习内容：基于EMBL_Clustalw进行系统发育研究

（二）实习要求：学生亲自上机操作，教师现场指导

（三）学时分配：1d

三、实习教材、教学指导书或参考书目：

[1]于浩. 《生物信息学实验指南》，吉林大学出版社，2009（自编）

[2]欧阳红生.《生物信息学方法指南》,科学出版社,2005

四、现有实习基地概况：

生物信息学实验室拥有服务器两台，PC级60台，拥有正版的生物信息学软件，并可以上网，完全可以满足实习需要。

五、考核要求、考核方式及成绩评定标准

专业实践环节重点考核学生综合运用基因工程有关知识和实际动手操作能力。

以实验、出勤、课堂表现综合考核给出实验成绩。其中：实验设计20%、实验报告30%、结果总结30%、出勤10%、课堂表现10%。

六、制订人：于浩

七、审核人：欧阳红生 日 期：2009年11月13日

八、学院审定记录：

本实验教习大纲已经学院教学委员会审核通过。

教学院长签字：